Самый очевидный ответ - сам Доктор. Но на это тоже можно посмотреть двояко. Либо Доктор боится сам себя, а эта темка, кстати, отчетливо прослеживается на протяжении последних двух сезонов. То, что Доктор самое опасное существо во вселенной и ночной кошмар множества ее обитателей, мы уже узнали.
Либо, если в консольной комнате все-таки Доктор, один, без спутников, как в конце серии, то самый страшный его кошмар - одиночество. Хотя, скорее всего, и то и другое - боязнь остаться в одиночестве, наедине с самим собой, таким старым и таким опасным. Боязнь того, что, когда он остается один, когда некому его притормозить, он способен на поистине ужасные вещи (тут стоит вспомнить Воды Марса и Сбежавшую невесту).
Хороший вариант, что там мертвая или плачущая Эми, тогда концовка серии становится логически обоснованной. Типа, высадил от греха подальше. Она уже столько раз была на волоске,
Есть вариант, что там Ривер с пистолетом и "Hello Sweetie". Возможно, он действительно ее боится, или боится за нее.
А вообще, там Мастер. С новым планом захвата мира и Тем Самым Креслом. И Доктор вовсе не испугался, избавился от спутников и сидит теперь в консольной комнате в томящем ожидании)))